Taller sivirep
Última actualización: 2024-03-19 | Mejora esta página
Tiempo estimado: 55 minutos
Hoja de ruta
Preguntas
- ¿Cómo obtener un informe automatico de datos de SIVIGILA usando
sivirep?
Objetivos
Al final de este taller usted podrá:
Conocer el paquete
sivirepIdentificar las funcionalidades principales de
sivireppara generar un reporte básico.Hacer uso de
sivireppara el análisis de una de las enfermedades con mayor impacto en la región, como herramienta para la toma de decisiones y análisis.
Introducción
Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, SIVIGILA. Este sistema está regulado por el Instituto Nacional de Salud de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos.
Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de los informes epidemiológicos. Estas tareas pueden requerir una gran cantidad de trabajo manual debido a limitaciones en el entrenamiento para el análisis de datos, el tiempo que se requiere invertir, la tecnología y la calidad del acceso a internet en algunas regiones de Colombia.
Objetivos
- Conocer el paquete
sivirep - Identificar las funcionalidades principales de
sivireppara generar un reporte básico. - Hacer uso de
sivireppara el análisis de una de las enfermedades con mayor impacto en la región, como herramienta para la toma de decisiones y análisis.
Conceptos básicos a desarrollar
En esta práctica se desarrollarán los siguientes conceptos:
Función: conjunto de instrucciones que se encargan de transformar las entradas en los resultados deseados.
Modulo: cojunto de funciones que son agrupadas debido a su relación conceptual, resultados proporcionados y definición de responsabilidades.
R Markdown: es una extensión del formato Markdown que permite combinar texto con código R incrustado en el documento. Es una herramienta para generar informes automatizados y documentos técnicos interactivos.
SIVIGILA: Sistema de Notificación y Vigilancia en Salud Pública de Colombia.
Microdatos: Son los datos sobre las características de las unidades de estudio de una población (individuos, hogares, establecimientos, entre otras) que se encuentran consolidados en una base de datos.
Evento: Conjunto de sucesos o circunstancias que pueden modificar o incidir en la situación de salud de una comunidad.
Incidencia: Es la cantidad de casos nuevos de un evento o una enfermedad que se presenta durante un período de tiempo específico. Usualmente, se presentá como el número de casos por población a riesgo, y por ello el denominador podría variar dependiendo del evento o enfermedad.
Departamento: En Colombia, existen 32 unidades geográficas administrativas (adm1) llamadas departamentos.
Municipio: Corresponden al segundo nivel de división administrativa en Colombia, que mediante agrupación conforman los departamentos. Colombia posee 1104 municipios registrados.
Reporte: análisis descriptivo de una enfermedad o evento del SIVIGILA.
Contenido del taller
Ha llegado el momento de explorar sivirep, de conocer
cómo generar reportes automatizados con el paquete y sus funcionalidades
principales.
El evento que analizaremos es Dengue en el departamento del Cauca para el año 2022, ya que ha sido una de las regiones más afectadas en Colombia a lo largo del tiempo por esta enfermedad.
Iniciaremos instalando e importando el paquete a través de los siguientes comandos:
R
remove.packages("sivirep")
if (!require("pak")) install.packages("pak")
pak::pak("epiverse-trace/sivirep") # Comando para instalar sivirep
rm(list = ls()) # Comando para limpiar el ambiente de R
library(sivirep) # Comando para importar sivirep
Verificar que el evento o enfermedad se encuentren disponibles para
su descarga en la lista que provee sivirep, la cual se
puede obtener ejecutando el siguiente comando:
Reporte automatizado
Ahora generaremos un reporte automatizado a partir de la plantilla
que provee el paquete llamada Reporte Básico {sivirep}, la
cual contiene seis secciones y recibe los siguientes parámetros de
entrada: el nombre del evento o enfermedad, el año, el nombre de
departamento (opcional) y nombre del municipio (opcional) para descargar
los datos de la fuente de SIVIGILA.
Para hacer uso de la plantilla se deben seguir los siguientes pasos:
- En RStudio hacer click ‘File/New File/R’ Markdown:
- Selecciona la opción del panel izquierdo: ‘From
Template’, después haz clic en el template llamado
Reporte Básico {sivirep}, indica el nombre que deseas para el reporte (i.e. Reporte_Laura), la ubicación donde deseas guardarlo y presiona ‘Ok’.
- En la parte superior de **‘RStudio’*, presiona el botón ‘Knit’, despliega las opciones y selecciona ‘Knit with parameters’.
- A continuación, aparecerá una pantalla donde podrás indicar el nombre de la enfermedad o evento, el año y el departamento del reporte. Esta acción descargará los datos deseados y también proporcionará la plantilla en un archivo R Markdown (.Rmd), al hacer clic en el botón ‘Knit’.
- Espera unos segundos mientras el informe se genera en un archivo HTML.
!Felicitaciones has generado tu primer reporte automatizado con sivirep!
Actividad exploratoria
Para conocer las funciones principales del paquete realizaremos una
actividad exploratoria siguiendo el flujo de datos de
sivirep.
Construiremos un informe en R Markdown para Dengue, departamento del Cauca, año 2022 (no se debe utilizar la plantilla de reporte vista en la sección anterior) que de respuesta a las siguientes preguntas:
- ¿Cómo es la distribución por sexo y semana epidemiológica de la enfermedad?
- ¿Esta distribución sugiere que la enfermedad afecta más a un sexo o a otro? ¿sí, no y por qué?
- ¿Cómo afecta la enfermedad los distintos grupos etarios?
- ¿Cuál es el municipio que más se ve afectado por la enfermedad en la región?
1. Preparación y configuración del documento R Markdown
Realizaremos la configuración y preparación del documento en R Markdown a través de los siguientes pasos:
- Crear un documento en R Mardown vacio:
- Insertar un chunk en el documento con las siguientes opciones de configuración:
R
knitr::opts_chunk$set(
collapse = TRUE,
comment = "#>",
fig.path = "figures/",
include = TRUE,
error = FALSE,
warning = FALSE,
message = FALSE
)
2. Importación de datos de SIVIGILA
Iniciaremos con la importación de los datos del evento o enfermedad
utilizando la función import_data_event la cual permite
descargar los datos desde la fuente de SIVIGILA utilizando un formato
parametrizado basado en el nombre del evento y el año.
R
data_dengue <- import_data_event(nombre_event = "dengue",
year = 2022)
3. Exploración de la base de datos
Recomendamos explorar la base de datos, sus variables, tipos de datos, registros y otras caracteristicas que pueden ser relavantes para su análisis y permitan responder correctamente a las preguntas planteadas en la actividad.
Si tiene alguna duda respecto a las variables o desconoce su significado puede dirigirse al diccionario de datos del SIVIGILA.
4. Limpieza de datos de SIVIGILA
Para limpiar los datos utilizaremos una función genérica que
proporciona sivirep llamada
limpiar_data_sivigila, la cual envuelve diversas tareas
para identificar y corregir errores, inconsistencias y discrepancias en
los conjuntos de datos con el fin de mejorar su calidad y precisión.
Este proceso puede incluir la corrección de errores tipográficos, el
reemplazo de valores faltantes y la validación de datos, entre otras
tareas, como eliminar fechas improbables, limpiar códigos de
geolocalización y estandarizar los nombres de las columnas y las
categorías de edad.
R
data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event = data_dengue)
data_limpia
5. Filtrar casos
Ahora debemos filtrar los datos del evento o enfermedad por el
departamento de Cauca, utilizando la función de
sivirep llamada geo_filtro. Esta función
permite al usuario crear informes a nivel subnacional, seleccionando
casos específicos basados en la ubicación geográfica.
R
data_filtrada <- geo_filtro(data_event = data_limpia, dpto = "Cauca")
data_filtrada
6. Variable de sexo
Agruparemos los datos de la enfermedad por la variable sexo para
poder visualizar su distribución y obtener los porcentajes a través de
la función que proporciona sivirep:
R
casos_sex <- agrupar_sex(data_event = data_filtrada,
porcentaje = TRUE)
casos_sex
Además, sivirep cuenta con una función para generar el
gráfico por esta variable llamada plot_sex:
R
plot_sex(data_agrupada = casos_sex)
La distribución de casos por sexo y semana epidemiológica se puede
generar utilizando la función agrupar_sex_semanaepi
proporcionada por sivirep.
R
casos_sex_semanaepi <- agrupar_sex_semanaepi(data_event = data_filtrada)
casos_sex_semanaepi
La función de visualización correspondiente es
plot_sex_semanaepi, que sivirep proporciona
para mostrar la distribución de casos por sexo y semana
epidemiológica.
R
plot_sex_semanaepi(data_agrupada = casos_sex_semanaepi)
7. Variable de edad
sivirep proporciona una función llamada
agrupar_edad, que puede agrupar los datos de enfermedades
por grupos de edad. De forma predeterminada, esta función produce rangos
de edad con intervalos de 10 años.
R
casos_edad <- agrupar_edad(data_event = data_limpia, interval_edad = 10)
casos_edad
La función de visualización correspondiente es
plot_edad.
R
plot_edad(data_agrupada = casos_edad)
8. Distribución espacial de casos
Obtener la distribución espacial de los casos es útil para identificar áreas con una alta concentración de casos, agrupaciones de enfermedades y factores de riesgo ambientales o sociales.
En Colombia, existen 32 unidades geográficas administrativas (adm1)
llamadas departamentos. sivirep proporciona una función
llamada agrupar_mpio que permite obtener un data.frame de
casos agrupados por departamento o municipio.
R
dist_esp_dept <- agrupar_mpio(data_event = data_filtrada)
dist_esp_dept
Con la función llamada plot_map, podremos generar un
mapa estático que muestra la distribución de casos por municipios.
R
mapa <- plot_map(data_agrupada = dist_esp_dept)
mapa
9. Análisis de resultados
Analiza los resultados obtenidos en la ejecución de las funciones y responde las preguntas planteadas en el enunciado de la actividad exploratoria.
Dentro del R Markdown desarrolla dos (2) conclusiones pertinentes a la enfermedad teniendo en cuenta el contexto de la región y las estrategias que podrían contribuir a su mitigación.
Reflexión
Conformaremos grupos de 4-5 personas y discutiremos sobre la disponibilidad de los datos y el impacto que esto tiene en la construcción de análisis y en las acciones que se pueden emprender para mitigar el efecto de esta enfermedad sobre la población.
Desafio
En el siguiente enlace podrán encontrar el desafío que debérán
desarrollar con sivirep: - https://docs.google.com/document/d/1_79eyXHTaQSPSvUzlikx9DKpBvICaiqy/edit?usp=sharing&ouid=113064166206309718856&rtpof=true&sd=true