Package index • sivirep

Importación de datos

import_data_event(): Importar los datos de una enfermedad o evento por año desde los microdatos del SIVIGILA

import_geo_cods(): Importar datos geográficos de Colombia

import_pob_incidencia(): Importar la población para efectuar el cálculo de la incidencia

import_pob_proyecciones(): Importar las proyecciones DANE del año 2005 hasta el 2035

import_pob_riesgo(): Importar la población a riesgo de un evento o enfermedad

list_events(): Importar enfermedades y años disponibles para su descarga desde los microdatos del SIVIGILA

Limpieza de datos

limpiar_data_sivigila(): Limpiar datos de SIVIGILA

limpiar_edad_event(): Limpiar las edades de los datos de una enfermedad o evento

limpiar_encabezado(): Limpiar las etiquetas del encabezado

limpiar_fecha_event(): Limpiar fechas de los datos de una enfermedad o evento

limpiar_val_atipic(): Limpiar los valores atípicos de los datos

estandarizar_geo_cods(): Estandarizar códigos geográficos de los datos de una enfermedad o evento

convert_edad(): Convertir edad a años

Distribuciones y agrupaciones por variable

agrupar_area_geo(): Agrupar por área geográfica

agrupar_cols_casos(): Agrupar por columnas y casos

agrupar_dpto(): Agrupar por departamento y casos

agrupar_edad(): Agrupar por edad y casos

agrupar_edad_sex(): Agrupar por edades, sexo y casos

agrupar_eventos(): Agrupar por tipo de enfermedad o evento

agrupar_fecha_inisintomas(): Agrupar por fecha de inicio de síntomas y casos

agrupar_mpio(): Agrupar por municipios y casos

agrupar_per_etn(): Agrupar por la pertenencia étnica

agrupar_rango_edad(): Agrupar por rango de edad y casos

agrupar_semanaepi(): Agrupar por semana epidemiológica y casos

agrupar_sex(): Agrupar por sexo y casos

agrupar_sex_semanaepi(): Agrupar por sexo, semana epidemiológica y casos

agrupar_tipo_caso(): Agrupar por la clasificación inicial del caso

agrupar_top_area_geo(): Agrupar por área geográfica a nivel departamental o municipal

agrupar_years(): Agrupar por años de una enfermedad o evento

geo_filtro(): Filtrar por departamentos y municipios

Cálculo de la incidencia

calcular_incidencia(): Calcular incidencia

calcular_incidencia_geo(): Calcular incidencia según distribución geográfica

calcular_incidencia_sex(): Calcular incidencia por sexo

Generación de gráficas, mapas y tablas

plot_area_geo(): Generar gráfico de distribución de casos por área geográfica

plot_dptos(): Generar gráfico de distribución de casos por departamentos

plot_edad(): Generar gráfico de distribución de casos por edad

plot_edad_sex(): Generar gráfico de distribución de casos por edad y sexo

plot_fecha_inisintomas(): Generar gráfico de distribución de casos por fecha de inicio de síntomas

plot_map(): Generar mapa

plot_mpios(): Generar gráfico de distribución de casos por municipios

plot_per_etn(): Generar gráfico de distribución de casos por pertenencia étnica

plot_sex(): Generar gráfico de distribución de casos por sexo

plot_sex_semanaepi(): Generar gráfico de distribución de casos por sexo y semana epidemiológica

plot_tabla_incidencia_geo(): Generar tabla con la incidencia

plot_tabla_incidencia_sex(): Generar tabla con la incidencia por sexo

plot_tabla_tipos_event(): Generar tabla con la distribución de casos por tipo de enfermedad o evento

plot_tipo_caso(): Generar gráfico de distribución de casos por la clasificación inicial del caso

plot_tipo_caso_years(): Generar gráfico de distribución de casos por la clasificación inicial del caso y los años seleccionados

plot_top_area_geo(): Generar gráfico de distribución de casos por área geográfica a nivel departamental o municipal

plot_years(): Generar gráfico de distribución de casos por año

Utilidades

obtener_cond_inciden_event(): Obtener las condiciones para calcular la incidencia de una enfermedad o evento

obtener_dptos(): Obtener departamentos de Colombia

obtener_fila_mas_casos(): Obtener la fila con mayor número de casos

obtener_info_depts(): Obtener información geográfica de los datos de la enfermedad o evento

obtener_meses_mas_casos(): Obtener los meses con mayor número de casos

obtener_nombre_dpto(): Obtener el nombre de un departamento de Colombia

obtener_nombre_mpio(): Obtener el nombre de un municipio de Colombia

obtener_text_sex(): Obtener el párrafo de la distribución de casos por sexo

obtener_tip_ocurren_geo(): Obtener columnas de ocurrencia geográfica de los datos de la enfermedad o evento

obtener_val_config(): Obtener valor del archivo de configuración

Datos del paquete

dengue2020: Datos Dengue 2020 del SIVIGILA en sivirep

divipoladata: Códigos e información geografica del DIVIPOLA en sivirep