Lecture des données épidémiologiques

  • Utilisez rio, io, readr et {ImportExport} pour importer les données à partir des fichiers.
  • Utilisez {readepi} pour importer les données à partir des SIS et SGBDR.

Nettoyage des données épidémiologiques

  • Utiliser cleanepi pour nettoyer et normaliser les données à caractère épidémiologiques.
  • Comprendre comment utiliser cleanepi pour effectuer des tâches courantes de nettoyage de données.
  • Visualiser le rapport de nettoyage des données dans un navigateur, le consulter et prendre des décisions.

Valider les données épidémiologiques

  • Utiliser la librairie linelist pour étiqueter, valider et protéger les données épidémiologiques pour l’analyse en aval.

Agréger et visualiser les données épidémiologiques

  • Utiliser simulist pour générer des données épidémiologiques synthétiques
  • Utilisez incidence2 pour agréger les données épidémiologiques en fonction d’événements datés et d’autres variables pour produire des épi-courbes.
  • Utilisez ggplot2 pour produire des courbes épidémiques mieux annotées.