Descripción
La versión actual de sivirep 0.0.2 proporciona funciones para la manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados en las bases de datos individualizadas de casos de SIVIGILA, el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.
Exclusión de responsabilidad
El uso de esta librería, así como de los datos, reportes generados y otros productos derivados de la misma, se realiza bajo la responsabilidad exclusiva del usuario. Ni los autores de la librería, ni la Pontificia Universidad Javeriana, ni la fuente de información asumen responsabilidad alguna por los resultados obtenidos o el uso que se haga de dichos productos.
Motivación
América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, SIVIGILA. Este sistema está regulado por el Instituto Nacional de Salud de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos.
Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de los informes epidemiológicos. Estas tareas pueden requerir una gran cantidad de trabajo manual debido a limitaciones en el entrenamiento para el análisis de datos, el tiempo que se requiere invertir, la tecnología y la calidad del acceso a internet en algunas regiones de Colombia.
El objetivo de sivirep es proporcionar un conjunto de
herramientas para:
- Descargar, preprocesar y preparar los datos de SIVIGILA para su posterior análisis.
- Generar reportes epidemiológicos automatizados adaptables al contexto.
- Proporcionar retroalimentación sobre el sistema de vigilancia al proveedor de la fuente de datos.
Potenciales usuarios
- Profesionales de salud pública y de epidemiología de campo que utilizan la fuente de datos de SIVIGILA a nivel local.
- Estudiantes del área de la salud y epidemiología.
- Investigadores y analistas de datos a nivel nacional e internacional.
Versiones futuras
Las versiones futuras de sivirep podrían incluir:
- Interacción con otras fuentes de datos en Colombia.
- Otros sistemas de vigilancia epidemiológica en América Latina.
Contribuciones
Las contribuciones son bienvenidas via pull requests.
Los contribuyentes al paquete incluyen:
Autores: Geraldine Gómez-Millán, Zulma M. Cucunubá, Jennifer A. Mendez-Romero y Claudia Huguett-Aragón
Contribuyentes: Hugo Gruson, Juanita Romero-Garcés, Andrés Moreno, Miguel Gámez, Laura Gómez-Bermeo, Johan Calderón, Lady Flórez-Tapiero, Verónica Tangarife-Arredondo y Gerard Alarcon
Código de conducta
Por favor, ten en cuenta que el proyecto sivirep se
publica con un Código
de Conducta para Contribuyentes. Al contribuir a este proyecto,
aceptas cumplir con sus términos.
Instalación
Puedes instalar la versión de desarrollo de sivirep
desde GitHub con los siguientes comandos:
install.packages("pak")
pak::pak("epiverse-trace/sivirep")Inicio rápido
Puedes iniciar importando el paquete después de finalizada su instalación con el siguiente comando:
Puedes revisar las enfermedades y los años disponibles para su descarga de forma libre utilizando:
lista_eventos <- list_events()
knitr::kable(lista_eventos,
col.names = c("Enfermedad", "Año")
)| Enfermedad | Año | |
|---|---|---|
| 1 | Accidente Ofídico | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 2 | Agresiones Por Animales Potencialmente Transmisores De Rabia | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 3 | Anomalías Congénitas | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 4 | Bajo Peso Al Nacer | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 |
| 5 | Cáncer De La Mama Y Cuello Uterino | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2023 |
| 6 | Cáncer Infantil | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 7 | Chagas | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 8 | Chikunguya | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 9 | Dengue | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 10 | Dengue Grave | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 11 | Difteria | 2018, 2019, 2021 |
| 12 | Esi - Irag (Vigilancia Centinela) | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 13 | Eta Colectivo | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 14 | Evento Adverso Grave Posterior A La Vacunación | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 15 | Exposición A Flúor | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019 |
| 16 | Fiebre Tifoidea Y Paratifoidea | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 17 | Hepatitis A | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 18 | Hepatitis B, C Y Coinfección Hepatitis B Y Delta | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 19 | Hepatitis C | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 20 | Hipotiroidismo Congénito | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 21 | Infección Respiratoria Aguda Grave Irag Inusitada | 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 22 | Intento De Suicidio | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 68 | Intento De Suicidio | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 23 | Intoxicación Por Gases | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 24 | Intoxicación Por Medicamentos | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 25 | Intoxicación Por Metales Pesados | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 26 | Intoxicación Por Metanol | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 27 | Intoxicación Por Otras Sustancias Químicas | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 28 | Intoxicación Por Plaguicidas | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 29 | Intoxicación Por Solventes | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 30 | Leishmaniasis Cutánea | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 31 | Leishmaniasis Mucosa | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 32 | Leishmaniasis Visceral | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 33 | Lepra | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 34 | Leptospirosis | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 35 | Lesiones Por Artefactos Explosivos (Pólvora Y Minas Antipersonal) | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 36 | Lesiones Por Pólvora Y Explosivos | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014 |
| 37 | Leucemia Aguda Pediátrica Linfoide | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 38 | Leucemia Aguda Pediátrica Mieloide | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 67 | Malaria | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 39 | Malaria Asociada (Formas Mixtas) | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 40 | Malaria Complicada | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 41 | Malaria Falciparum | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 42 | Malaria Vivax | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 43 | Meningitis Meningocócica | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 44 | Meningitis Por Haemophilus Influenzae | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 45 | Meningitis Por Neumococo | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 46 | Meningitis Tuberculosa | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 47 | Morbilidad Materna Extrema | 2012, 2013, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 48 | Morbilidad Por Eda | 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 49 | Morbilidad Por Ira | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 50 | Mortalidad Materna | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 51 | Mortalidad Perinatal Y Neonatal Tardía | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 52 | Mortalidad Por Dengue | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 53 | Mortalidad Por Eda 0-4 Años | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 54 | Mortalidad Por Ira | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 55 | Mortalidad Por Malaria | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 56 | Parotiditis | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 57 | Rabia Humana | 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2015, 2016, 2017, 2020 |
| 58 | Sarampión | 2011, 2012, 2013, 2015, 2018, 2019, 2020 |
| 59 | Síndrome Inflamatorio Multisistémico En Niños Asociado A Sars-Cov2 | 2022, 2023 |
| 60 | Tétanos Accidental | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 61 | Tétanos Neonatal | 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 |
| 62 | Tos Ferina | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 63 | Tracoma | 2017, 2018, 2019, 2022 |
| 64 | Tuberculosis Extra Pulmonar | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 65 | Tuberculosis Farmacorresistente | 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
| 66 | Tuberculosis Pulmonar | 2010, 2011, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 |
| 69 | Zika | 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
Reporte automatizado
Actualmente, sivirep proporciona una plantilla de
reporte llamada Reporte Básico {sivirep}, la cual recibe
los siguientes parámetros de entrada: el nombre de la enfermedad, el
año, el país, el nombre del departamento (opcional) y el nombre del
municipio (opcional) para descargar los datos de la fuente de
SIVIGILA.
Para hacer uso de la plantilla del reporte puedes seguir los siguientes pasos:
El reporte que obtendrás al utilizar la plantilla de
sivirep es este:
Si deseas generar el reporte en formato PDF debes instalar LateX. Puedes instalarlo siguiendo las instrucciones que se encuentran en R Markdown Cookbook.