Función que calcula la incidencia de una enfermedad o evento para todos los departamentos de Colombia o los municipios de un departamento por cada sexo.
Uso
calcular_incidencia_sex(
data_incidencia = NULL,
ruta_dir = NULL,
cache = FALSE,
data_agrupada,
year = NULL,
dpto = NULL,
mpio = NULL
)Argumentos
- data_incidencia
Un `data.frame` que contiene las proyecciones poblacionales del DANE; su valor por defecto es `NULL`.
- ruta_dir
Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.
- cache
Un `logical` (`TRUE` o `FALSE`) que indica si la población a riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.
- data_agrupada
Un `data.frame` que contiene los datos de la enfermedad agrupados por departamento o municipio y número de casos.
- year
Un `numeric` (numérico) con el año que se debe tomar en la población a riesgo o en las proyecciones poblacionales DANE; su valor por defecto es `NULL`.
- dpto
Un `character` (cadena de caracteres) o `numeric` (numérico) que contiene el código o nombre del departamento; su valor por defecto es `NULL`.
- mpio
Un `character` (cadena de caracteres) o `numeric` (numérico) que contiene el código o nombre del municipio; su valor por defecto es `NULL`.
Valor
Un `data.frame` con el cálculo de la incidencia para todos los departamentos de Colombia o los municipios de un departamento por sexo.
Ejemplos
# \donttest{
data(dengue2020)
data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event = dengue2020)
# Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por sexo y
# departamento
data_filtrada <- geo_filtro(
data_event = data_limpia,
dpto = "05"
)
data_agrupada <- agrupar_sex(data_filtrada)
if (interactive()) {
calcular_incidencia_sex(
data_agrupada = data_agrupada,
dpto = "05",
year = 2020,
cache = TRUE
)
}
#' Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por sexo y
# municipio
data_filtrada <- geo_filtro(
data_event = data_limpia,
dpto = "05",
mpio = "Medellin"
)
calcular_incidencia_sex(
data_agrupada = data_agrupada,
dpto = "05",
mpio = "Medellin",
ruta_dir = tempdir()
)
#> Las incidencias se calcularon con las proyecciones poblacionales DANE. Si usted cuenta con la poblacion a riesgo definida por el Ministerio de Salud para el 2020 puede hacer uso de ella, asignandola en el argumento data_incidencia de la funcion
#> $data_incidencia
#> sexo casos cod_eve nombre_evento incidencia
#> 1 F 7 210 DENGUE 0.52
#> 2 M 5 210 DENGUE 0.42
#>
#> $poblacion
#> [1] "proyecciones"
#>
# }