Résumé et Emploi du Temps

On this page, you will find the instructions and code for the R exercises of the Introduction to Infectious Disease Modelling for Public Health Course.

L'emploi du temps réel peut légèrement varier selon les sujets et les exercices choisis par l'instructeur.

Le cours Introduction à la modélisation des maladies infectieuses pour la santé publique a été développé par la Pontificia Universidad Javeriana pour les publics africains, dans le cadre de la stratégie de formation EpiTKit sous l’initiative Epiverse. Ce cours vise à renforcer les connaissances et les compétences en modélisation des maladies infectieuses et en analyse de données dans un contexte de santé publique.

CONTEXTE

Le projet TRACE-LAC (Enhancing Tools for Response, Analytics and Control of Epidemics in Latin America and the Caribbean) est financé par le Centre de recherches pour le développement international (CRDI). Son objectif est de développer un ensemble d’outils de données open-source et interopérables pour l’analyse des épidémies, tout en favorisant une communauté d’utilisateurs engagée afin de soutenir les décideurs dans leur réponse aux épidémies en Amérique latine.

La Pontificia Universidad Javeriana bénéficie du soutien du CRDI pour mener diverses activités et produire des résultats de recherche dans le cadre du projet TRACE-LAC. Dans cet effort, Javeriana a créé le Epi Training Kit (EpiTKit), une stratégie de formation en ligne en libre accès.

OBJECTIF GÉNÉRAL

Traduire et adapter culturellement les supports du Epi Training Kit (EpiTKit) pour les publics cibles en Côte d’Ivoire, Gambie, Ghana, Kenya, Nigeria, Rwanda, Sénégal, Sierra Leone, Tanzanie et Togo, en garantissant une clarté linguistique, une précision technique et une pertinence culturelle.

Les cinq unités à traduire et adapter

  1. Introduction à la théorie des épidémies
  2. Épidémiologie générale
  3. Introduction aux statistiques et à la probabilité
  4. Paramètres
  5. Construction d’un modèle déterministe

INSTITUTIONS

Pontificia Universidad Javeriana, le Medical Research Council Unit en Gambie et data.org.

Pour plus d’informations sur le projet, visitez notre page : Page du projet sur GitHub

Règles du cours

Découvrez notre Code de conduite TRACE-LAC.

Configuration logicielle

Suivez ces deux étapes :

1. Installer ou mettre à jour R et RStudio

R et RStudio sont deux logiciels distincts :

  • R est un langage de programmation et un logiciel utilisé pour exécuter du code écrit en R.
  • RStudio est un environnement de développement intégré (IDE) qui facilite le travail avec R. Nous recommandons d’utiliser RStudio pour interagir avec R.

Pour installer R et RStudio, suivez ces instructions https://posit.co/download/rstudio-desktop/.

Déjà installé ?

Attendez ! C’est le bon moment pour vous assurer que votre installation de R est à jour. Ce tutoriel nécessite R version 4.0.0 ou ultérieure.

Pour vérifier si votre version de R est à jour :

  • Dans RStudio, votre version de R sera affichée dans la fenêtre de la console. Ou vous pouvez exécuter sessionInfo().

  • - Pour mettre à jour R, téléchargez et installez la dernière version depuis le site web du projet R pour votre système d’exploitation.

    • Après avoir installé une nouvelle version, vous devrez réinstaller tous les paquets.

    • Pour Windows, le paquet installr peut mettre à jour R et migrer votre bibliothèque de paquets.

  • Pour mettre à jour RStudio, ouvrez RStudio et cliquez sur Aide > Rechercher les mises à jour. Si une nouvelle version est disponible, suivez les instructions à l’écran.

Vérifier les mises à jour régulièrement

Bien que cela puisse sembler intimidant, il est beaucoup plus courant de rencontrer des problèmes en raison de versions obsolètes de R ou de paquets R. Se tenir au courant des dernières versions de R, RStudio et de tous les paquets fréquemment utilisés est une bonne pratique.

Jeu de données

N’oubliez pas de les stocker dans le dossier data de l’emplacement de votre projet.