Función que calcula la incidencia de una enfermedad o evento para todo Colombia, un departamento o un municipio.
Uso
calcular_incidencia(
data_incidencia = NULL,
cache = FALSE,
ruta_dir = NULL,
data_agrupada,
poblacion = NULL,
year = NULL,
dpto = NULL,
mpio = NULL,
sex = NULL
)Argumentos
- data_incidencia
Un `data.frame` que contiene la población a riesgo o las proyecciones poblaciones DANE. Si este parámetro está vacío, se importará la población a riesgo o las proyecciones, dependiendo de la disponibilidad de la información; su valor por defecto es `NULL`.
- cache
Un `logical` (`TRUE` o `FALSE`) que indica si la población a riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.
- ruta_dir
Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.
- data_agrupada
Un `data.frame` que contiene los datos de la enfermedad agrupados por departamento o municipio y número de casos.
- poblacion
Un `character` (cadena de caracteres) con el tipo de población para calcular la incidencia. Puede ser `"riesgo"` para la población a riesgo o `"proyecciones"` para las proyecciones poblacionales DANE; su valor por defecto es `NULL`.
- year
Un `numeric` (numérico) con el año que se debe tomar en la población a riesgo o en las proyecciones poblacionales DANE; su valor por defecto es `NULL`.
- dpto
Un `character` (cadena de caracteres) o `numeric` (numérico) que contiene el código o nombre del departamento; su valor por defecto es `NULL`.
- mpio
Un `character` (cadena de caracteres) o `numeric` (numérico) que contiene el código o nombre del municipio; su valor por defecto es `NULL`.
- sex
Un `character` (cadena de caracteres) que especifica el sexo: `"F"` para Femenino y `"M"` para Masculino; su valor por defecto es `NULL`.
Valor
Un `numeric` con el cálculo de la incidencia para todo Colombia, un departamento, municipio o sexo especifico.
Ejemplos
# \donttest{
data(dengue2020)
data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event = dengue2020)
# Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por departamento
data_agrupada_mpios <- agrupar_mpio(data_limpia, dpto = "Antioquia")
if (interactive()) {
calcular_incidencia(
data_agrupada = data_agrupada_mpios,
poblacion = "proyecciones",
dpto = "05",
year = 2020,
cache = TRUE
)
}
# Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por municipio
calcular_incidencia(
data_agrupada = data_agrupada_mpios,
poblacion = "proyecciones",
dpto = "Antioquia",
mpio = "05001",
year = 2020,
ruta_dir = tempdir()
)
#> Las incidencias que va a generar idealmente deberian estar calculadas por poblacion a riesgo. Para esto, puede usar el argumento poblacion = 'riesgo'
#> $incidencia
#> [1] 0.16
#>
#> $poblacion
#> [1] "proyecciones"
#>
# Cálculo de la incidencia con población a riesgo para Colombia
data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
calcular_incidencia(
poblacion = "riesgo",
data_agrupada = data_agrupada_dptos,
year = 2020,
ruta_dir = tempdir()
)
#> Las incidencias se calcularon con la poblacion a riesgo definida por el Ministerio de Salud para el 2020
#> $incidencia
#> [1] 0.14
#>
#> $poblacion
#> [1] "riesgo"
#>
# }