Calcular incidencia según distribución geográfica
Código:R/checking_data.R
calcular_incidencia_geo.RdFunción que calcula la incidencia de una enfermedad o evento para todos los departamentos de Colombia o los municipios de un departamento.
Uso
calcular_incidencia_geo(
data_incidencia = NULL,
cache = FALSE,
data_agrupada,
poblacion = NULL,
year = NULL
)Argumentos
- data_incidencia
Un `data.frame` que contiene las proyecciones poblacionales del DANE; su valor por defecto es `NULL`.
- cache
Un `logical` (`TRUE` o `FALSE`) que indica si la población a riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.
- data_agrupada
Un `data.frame` que contiene los datos de la enfermedad agrupados por departamento o municipio y número de casos.
- poblacion
Un `character` (cadena de caracteres) con el tipo de población para calcular la incidencia. Puede ser `"riesgo"` para la población a riesgo o `"proyecciones"` para las proyecciones poblacionales DANE; su valor por defecto es `NULL`.
- year
Un `numeric` (numérico) con el año que se debe tomar en la población a riesgo o en las proyecciones poblacionales DANE; su valor por defecto es `NULL`.
Valor
Un `data.frame` con el cálculo de la incidencia para todos los departamentos de Colombia o los municipios de un departamento.
Ejemplos
# \donttest{
data(dengue2020)
data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event = dengue2020)
data_agrupada_mpios <- agrupar_mpio(data_limpia, dpto = "Antioquia")
# Cálculo de la incidencia con población a riesgo por departamento
calcular_incidencia_geo(
poblacion = "riesgo",
data_agrupada = data_agrupada_mpios,
year = 2020
)
#> Las incidencias se calcularon con la poblacion a riesgo definida por el Ministerio de Salud para el 2020
#> $data_incidencia
#> cod_dpto_o departamento_ocurrencia cod_mun_o municipio_ocurrencia casos
#> 1 05 ANTIOQUIA 05001 MEDELLIN 4
#> 2 05 ANTIOQUIA 05045 APARTADO 1
#> 3 05 ANTIOQUIA 05129 CALDAS 1
#> 4 05 ANTIOQUIA 05490 NECOCLI 1
#> 5 05 ANTIOQUIA 05591 PUERTO TRIUNFO 1
#> 6 05 ANTIOQUIA 05659 SAN JUAN DE URABA 1
#> 7 05 ANTIOQUIA 05736 SEGOVIA 1
#> 8 05 ANTIOQUIA 05809 TITIRIBI 1
#> 9 05 ANTIOQUIA 05837 TURBO 1
#> nombre_evento cod_eve incidencia
#> 1 DENGUE 210 0.16
#> 2 DENGUE 210 0.78
#> 3 DENGUE 210 1.48
#> 4 DENGUE 210 2.27
#> 5 DENGUE 210 5.27
#> 6 DENGUE 210 4.77
#> 7 DENGUE 210 2.54
#> 8 DENGUE 210 9.33
#> 9 DENGUE 210 0.77
#>
#> $poblacion
#> [1] "riesgo"
#>
data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
# Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales para Colombia
calcular_incidencia_geo(
poblacion = "proyecciones",
data_agrupada = data_agrupada_dptos,
year = 2020
)
#> Las incidencias que va a generar idealmente deberian estar calculadas por poblacion a riesgo. Para esto, puede usar el argumento poblacion = 'riesgo'
#> $data_incidencia
#> cod_dpto_o departamento_ocurrencia casos nombre_evento cod_eve incidencia
#> 1 01 EXTERIOR 1 DENGUE 210 0.00
#> 2 05 ANTIOQUIA 12 DENGUE 210 0.18
#> 3 08 ATLANTICO 2 DENGUE 210 0.07
#> 4 13 BOLIVAR 1 DENGUE 210 0.05
#> 5 15 BOYACA 1 DENGUE 210 0.08
#> 6 17 CALDAS 1 DENGUE 210 0.10
#> 7 18 CAQUETA 1 DENGUE 210 0.24
#> 8 19 CAUCA 1 DENGUE 210 0.07
#> 9 20 CESAR 1 DENGUE 210 0.08
#> 10 23 CORDOBA 1 DENGUE 210 0.05
#> 11 25 CUNDINAMARCA 1 DENGUE 210 0.03
#> 12 27 CHOCO 1 DENGUE 210 0.18
#> 13 41 HUILA 1 DENGUE 210 0.09
#> 14 44 GUAJIRA 1 DENGUE 210 0.10
#> 15 47 MAGDALENA 1 DENGUE 210 0.07
#> 16 50 META 1 DENGUE 210 0.09
#> 17 52 NARIÑO 1 DENGUE 210 0.06
#> 18 54 NORTE SANTANDER 1 DENGUE 210 0.06
#> 19 63 QUINDIO 1 DENGUE 210 0.18
#> 20 66 RISARALDA 2 DENGUE 210 0.21
#> 21 68 SANTANDER 1 DENGUE 210 0.04
#> 22 70 SUCRE 1 DENGUE 210 0.11
#> 23 73 TOLIMA 2 DENGUE 210 0.15
#> 24 76 VALLE 1 DENGUE 210 0.02
#> 25 81 ARAUCA 2 DENGUE 210 0.69
#> 26 85 CASANARE 1 DENGUE 210 0.23
#> 27 86 PUTUMAYO 1 DENGUE 210 0.27
#> 28 88 SAN ANDRES 1 DENGUE 210 1.62
#> 29 91 AMAZONAS 1 DENGUE 210 1.24
#> 30 94 GUAINIA 1 DENGUE 210 1.92
#> 31 97 VAUPES 2 DENGUE 210 4.63
#>
#> $poblacion
#> [1] "proyecciones"
#>
# }