Notes de l'instructeur

Instructor notes

Matrices de contact

R

# Generate the contact matrix for Zambia only
contact_data_zambia <- socialmixr::contact_matrix(
  survey = zambia_sa_survey,
  countries = "Zambia", # key argument
  age.limits = c(0, 20),
  symmetric = TRUE
)

SORTIE

Removing participants without age information. To change this behaviour, set the 'missing.participant.age' option

SORTIE

Removing participants that have contacts without age information. To change this behaviour, set the 'missing.contact.age' option

R

# Print the contact matrix for Zambia only
contact_data_zambia

SORTIE

$matrix
         contact.age.group
age.group   [0,20)      20+
   [0,20) 3.650000 1.451168
   20+    1.988136 2.461856

$demography
   age.group population proportion  year
      <char>      <num>      <num> <int>
1:    [0,20)    8006201  0.5780636  2010
2:       20+    5843835  0.4219364  2010

$participants
   age.group participants proportion
      <char>        <int>      <num>
1:    [0,20)          180 0.08490566
2:       20+         1940 0.91509434

R

# Print the vector of population size for {epidemics}
contact_data_zambia$demography$population

SORTIE

[1] 8006201 5843835

Simulation de la transmission

Remarque de l'instructeur

Use slides to introduce the topics of:

Scenario modelling and
Contact matrix.

Then start with the livecoding.

Remarque de l'instructeur

Make a pause.

Use slides to introduce the topics of:

Initial conditions and
Population structure.

Then continue with the livecoding.

Remarque de l'instructeur

Make a pause.

Use slides to introduce the topics of:

Model parameters and
New infections.

Then continue with the livecoding.

Remarque de l'instructeur

Stop the livecoding.

Suggest learners to read the rest of the episode.

Return to slides.

Modélisation des interventions

Dans ce tutoriel, différents types d’intervention et la manière dont ils peuvent être modélisés sont présentés. Les apprenants devraient être en mesure de comprendre le mécanisme sous-jacent de ces interventions (par exemple, réduire le taux de contact) ainsi que la manière d’implémenter le code pour inclure de telles interventions.