Acceder a las distribuciones de retrasos epidemiológicos

  • Utiliza {epiparameter} para acceder al catálogo de literatura sobre distribuciones epidemiológicas de retraso.
  • Utiliza epidist_db() para seleccionar distribuciones de retraso individuales.
  • Utiliza parameter_tbl() para obtener una visión general de las distribuciones de retardo múltiples.
  • Reutiliza las estimaciones conocidas para una enfermedad desconocida en la fase inicial de un brote cuando no se disponga de datos de rastreo de contactos.

Cuantificar la transmisión

  • Las métricas de transmisión pueden estimarse a partir de los datos del caso tras tener en cuenta los retrasos
  • La incertidumbre puede tenerse en cuenta en las distribuciones de retrasos

Utilizar distribuciones de retraso en el análisis

  • Utilizar funciones de distribución con <epidist> para obtener estadísticas de resumen y parámetros informativos de las intervenciones de salud pública, como la Ventana de rastreo de contactos y la Duración de la cuarentena.
  • Utilizar discretise() para convertir distribuciones de retraso continuas en discretas.
  • Utilizar {epiparameter} para obtener los retrasos de información necesarios en las estimaciones de transmisibilidad.

Crear una previsión a corto plazo

  • Podemos crear previsiones a corto plazo haciendo suposiciones sobre el comportamiento futuro del número de reproducción
  • La notificación incompleta de casos puede tenerse en cuenta en las estimaciones

Estimación de la severidad del brote

  • Utiliza cfr para estimar la gravedad

  • Utiliza cfr_static() para estimar el CFR global con los últimos datos disponibles.

  • Utiliza cfr_rolling() para mostrar cuál sería el CFR estimada en cada día del brote.

  • Utiliza la delay_density para ajustar el CFR según la distribución de retrasos correspondiente.

Account for superspreading

  • Use epicontacts to calculate the number of secondary cases cause by a particular individual from linelist and contact data.
  • Use fitdistrplus to empirically estimate the offspring distribution from the number of secondary cases distribution.
  • Use {superspreading} to estimate the probability of having clusters of a given size from primary cases and inform contact tracing efforts.

Simulate transmission chains

  • Use epichains to simulate the large outbreak potential of diseases with overdispersed offspring distributions.