Accéder aux distribution des délais épidémiologiques


  • Utilisez epiparameter pour accéder au catalogue des distributions de délais épidémiologiques.
  • Utilisez cette fonction pour accéder au catalogue de la littérature sur les distributions de délais épidémiologiques. epiparameter_db() pour sélectionner une seule distribution de délais.
  • Utilisez cette option pour sélectionner les distributions à délais unique. parameter_tbl() pour obtenir une vue d’ensemble des distributions de délais multiples.
  • Réutiliser les estimations connues pour une maladie inconnue au début d’une épidémie lorsqu’il n’y a pas de données sur la recherche des contacts.

Quantifier la transmission


  • Les paramètres de transmission peuvent être estimés à partir des données du cas après prise en compte des retards.
  • L’incertitude peut être prise en compte dans la distribution des retards.

Utiliser les distributions de délais dans l'analyse


  • Utilisez les fonctions de distribution avec <epiparameter> pour obtenir des statistiques sommaires et des paramètres informatifs pour les interventions de santé publique, comme la fenêtre de recherche des contacts et la durée de la quarantaine.
  • Utilisez discretise() pour convertir les distributions de délais continues en distributions discrètes.
  • Utilisez epiparameter pour obtenir les délais de déclaration requis dans les estimations de transmissibilité.

Établir des prévisions à court terme


  • Nous pouvons créer des prévisions à court terme en faisant des hypothèses sur le comportement futur du nombre de reproduction.
  • Les estimations peuvent tenir compte des déclarations de cas incomplètes.

Estimation de la gravité d'une épidémie


  • Utilisez la librairie cfr pour estimer la gravité clinique

  • Utilisez la fonction cfr::cfr_static() pour estimer le RL global à l’aide des plus récentes données disponibles.

  • Utilisez la fonction cfr::cfr_rolling() pour obtenir les estimations du RL durant chaque jour de l’épidémie.

  • Utiliser l’argument delay_density pour ajuster les valeurs du RL au délai épidémiologique en fonction de la distribution des délais correspondants.

Tenir compte du phénomène hypercontagieux


  • Utiliser epicontacts pour calculer le nombre de cas secondaires causés par une personne particulière à partir de la liste de diffusion et des données de contact.
  • Utiliser fitdistrplus pour estimer empiriquement la distribution de la descendance à partir de la distribution du nombre de cas secondaires.
  • Utilisez superspreading pour estimer la probabilité d’avoir des grappes d’une taille donnée à partir des cas primaires et informer les efforts de recherche de contacts.