Accéder aux distribution des délais épidémiologiques
- Utilisez epiparameter pour accéder au catalogue des distributions de délais épidémiologiques.
- Utilisez cette fonction pour accéder au catalogue de la littérature
sur les distributions de délais épidémiologiques.
epiparameter_db()pour sélectionner une seule distribution de délais.
- Utilisez cette option pour sélectionner les distributions à délais
unique. parameter_tbl()pour obtenir une vue d’ensemble des distributions de délais multiples.
- Réutiliser les estimations connues pour une maladie inconnue au début d’une épidémie lorsqu’il n’y a pas de données sur la recherche des contacts.
Quantifier la transmission
- Les paramètres de transmission peuvent être estimés à partir des données du cas après prise en compte des retards.
- L’incertitude peut être prise en compte dans la distribution des retards.
Utiliser les distributions de délais dans l'analyse
- Utilisez les fonctions de distribution avec
<epiparameter>pour obtenir des statistiques sommaires et des paramètres informatifs pour les interventions de santé publique, comme la fenêtre de recherche des contacts et la durée de la quarantaine.
- Utilisez discretise()pour convertir les distributions de délais continues en distributions discrètes.
- Utilisez epiparameter pour obtenir les délais de déclaration requis dans les estimations de transmissibilité.
Établir des prévisions à court terme
- Nous pouvons créer des prévisions à court terme en faisant des hypothèses sur le comportement futur du nombre de reproduction.
- Les estimations peuvent tenir compte des déclarations de cas incomplètes.
Estimation de la gravité d'une épidémie
- Utilisez la librairie cfr pour estimer la gravité clinique 
- Utilisez la fonction - cfr::cfr_static()pour estimer le RL global à l’aide des plus récentes données disponibles.
- Utilisez la fonction - cfr::cfr_rolling()pour obtenir les estimations du RL durant chaque jour de l’épidémie.
- Utiliser l’argument - delay_densitypour ajuster les valeurs du RL au délai épidémiologique en fonction de la distribution des délais correspondants.
Tenir compte du phénomène hypercontagieux
- Utiliser epicontacts pour calculer le nombre de cas secondaires causés par une personne particulière à partir de la liste de diffusion et des données de contact.
- Utiliser fitdistrplus pour estimer empiriquement la distribution de la descendance à partir de la distribution du nombre de cas secondaires.
- Utilisez superspreading pour estimer la probabilité d’avoir des grappes d’une taille donnée à partir des cas primaires et informer les efforts de recherche de contacts.